稀有道具的获取与主线流程、隐藏区域探索以及特定NPC互动密切相关。关键道具如秘传招式机器（如砍树、闪光）、船票、化石等，需通过击败道馆馆主、完成支线任务或解谜获得。首个秘传机01（砍树）需在圣安努号船长室获取，而秘传机05（闪光）需在地鼠洞穴附近的研究员处用10只不同宝可梦交换。红蓝宝石事件关联的岛屿任务中，隐藏洞穴内的推石解谜可解锁未知图腾遗迹。
火箭队基地是获取稀有道具的核心场景之一。在彩虹市游戏厅海报后的秘密基地，击败B4F的火箭队员可获得升降机钥匙，进而解锁沙加老大的战斗，胜利后拾取精灵眼镜以进入紫苑镇灵塔。灵塔顶层的格拉格拉事件完成后，富士老人会赠送精灵笛，用于唤醒卡比兽。另一重要道具探宝机需在11号道路入口处，用30只已捕获宝可梦与博士助手交换，用于探测地图隐藏物品。
岛屿任务线是后期稀有道具的主要来源。通关后升级图鉴至386版，在1号岛屿PC中心交付红蓝宝石，解锁4-7岛探索权限。4号岛冰洞内获取秘传机07（攀瀑）后，需在6号岛最南端山洞用砍树打开秘道，跳转特定洞穴顺序获取不思议糖果等道具。5号岛火箭队仓库的蓝宝石任务中，击败研究员可夺回宝石，回1号岛交付后解锁超梦洞穴与联机功能。
隐藏道具的分布与地形互动紧密相关。常磐森林可拾取教程训练机，月见山化石二选一（菊石兽或化石盔）需击败特定训练家。无人发电厂的雷鸟捕捉需掌握冲浪技能，而彩虹市百货大楼顶层可通过后门获取伊布。紫苑镇西侧地道穿越后，在彩虹市食堂获取钱币袋，用于游戏厅兑换道具。这些道具虽非剧情必需，但对队伍构建与收集有显著帮助。
最终阶段的传说宝可梦相关道具需严格遵循条件。超梦洞穴需集齐红蓝宝石并具备冲浪、碎岩技能，洞穴内路线复杂建议携带救生绳。7号岛南部遗迹需按特定顺序推动石块激活机关，进入后遭遇未知图腾。5号岛左上角男子赠送的刺蛋需预留空位，而7号岛战斗塔的Lv.60+训练家挑战可检验队伍强度。这些设计体现了道具获取与游戏进程的深度绑定。
